राणा शासनले सत्तामा कब्जा जमाएपछि लखन थापा मगरले त्यसको बिरुद्ध विद्रोह गर्ने निर्णय गरे। उनले स्थानीय युवाहरू र पूर्व सैनिकहरूलाई एकत्रित गरी राणाको अत्याचारी शासनलाई चुनौती दिन थाले। यो विद्रोह कुनै सामान्य आन्दोलन थिएन, यो स्वतन्त्रता र न्यायका लागि गरिएको शस्त्र संघर्ष थियो। उनी र उनका समर्थकहरूले शस्त्र र आवश्यक सामग्रीहरू जुटाएर तयारी सुरु गरे।
तर राणा प्रशासनले यो विद्रोहलाई गम्भीरताका साथ लियो र गोरखा क्षेत्रमा सैनिक बल परिचालन गर्यो। राणा शासनले विद्रोहलाई दबाउन ठूलो सैन्य आक्रमण र कडा कारबाही चलायो। लखन थापा मगर र उनका समर्थकहरूलाई गिरफ्तार गरी अत्यन्त दण्डनीय सजाय दिइयो। यो दमनकारी कदमले तत्कालीन विद्रोहलाई कमजोर पारे पनि लखन थापाको संघर्ष कहिल्यै मरेन।
अन्ततः, १४ फेब्रुअरी १८७७ मा लखन थापा मगरलाई बुङ्कोटस्थित आफ्नै घरको अगाडि फाँसी दिइयो। उनका साथमा रहेका सात जना सहयात्रीहरूलाई पनि मनकामना मन्दिरको नजिकै निष्पादित गरियो। यो घटना नेपाली स्वतन्त्रता आन्दोलनमा एक दुखद तर प्रेरणादायक मोड साबित भयो।
लखन थापा मगर र उनका सहयात्रीहरूको बलिदानले राणा शासनको दमन र अत्याचारलाई विश्व सामु उजागर गर्यो। यद्यपि विद्रोह असफल भयो, तर यसले भविष्यका पुस्ताहरूमा स्वतन्त्रताको भावना जगेर्ना गर्यो र शाही तानाशाही विरुद्धको संघर्षलाई बलियो बनायो।