भरतपुर विमानस्थलको इतिहासमा एउटा दर्दनाक घटना ३१ जुलाई १९९३ मा भयो। उक्त दिन एभरेष्ट एयरको Dornier 228-101 मोडेलको जहाज काठमाडौंबाट भरतपुरतर्फ उडान भरेको थियो। यो जहाज भरतपुर विमानस्थल नजिकै अवतरणको क्रममा पहाडमा ठोक्किएको थियो। उक्त दुर्घटनामा जहाजमा सवार सबै १९ जना—३ जना चालक दल र १६ जना यात्रु—को दुःखद रूपमा मृत्यु भयो।
यो दुर्घटना नेपालमा उड्डयन क्षेत्रमा एउटा गम्भीर संकटको रूपमा देखिएको थियो। यसले त्यतिबेला नेपालको उड्डयन सुरक्षा मापदण्ड र प्रक्रियाहरूमा सुधार आवश्यक रहेको कुरा उजागर गर्यो। Dornier 228 एउटा सानो मध्यम आकारको जहाज हो जुन छोटो दूरीका उडानका लागि प्रयोग गरिन्छ। तर त्यो दिन मौसम, उडान निर्देशन, वा अन्य कारणहरूले गर्दा जहाजलाई सुरक्षित अवतरण गर्न असम्भव बनायो।
यस दुर्घटनाले विमानस्थल वरिपरि पहाडी भू-भागको चुनौतीलाई पनि दर्शाएको थियो, जहाँ हावाको दिशा, दृश्यता, र उचाइहरूलाई ध्यानमा राखेर उडान सञ्चालन गर्न आवश्यक हुन्छ। यो दुर्घटना नेपालको उड्डयन क्षेत्रमा एक दुखद अध्याय भए पनि यसबाट सिकेर उड्डयन सुरक्षामा धेरै सुधार गरिएको छ।