भद्रपुर विमानस्थलको निर्माण कार्य सन् १९६३ को अक्टोबर महिनामा चीनको सहयोगमा सुरु गरिएको थियो। सुरुमा यो विमानस्थल सैनिक उद्देश्यका लागि बनाइयो र त्यतिबेला पाकिस्तानले ढाका, भद्रपुर, काठमाडौं, कराचीलाई जोड्ने हवाई मार्ग खोल्न चाहेको थियो। नेपालमा पहिलो पटक फोटovoltaic (सौर्य ऊर्जा) प्रणाली यस विमानस्थलमा नेभिगेसन उपकरणहरू चलाउन प्रयोग गरिएको थियो। यस विमानस्थलले नोभेम्बर १९६३ देखि सेवा सुरु गर्यो र शुरूमै घाँसको रनवे रहेको थियो। पछि यसलाई कङ्क्रिटले फेरि पुनःनिर्माण गरिएको र पटक–पटक रनवे लम्ब्याइएको छ। सन् २०१३ मा सिभिल एभिएसन अथोरिटी अफ नेपालले यसलाई “विमानस्थल अफ द इयर” को उपाधि दिएको थियो। जनवरी २०१८ मा प्रधानमन्त्री केपी शर्मा ओलीले यहाँ नयाँ आरएनएभी (RNAV) प्रणाली उद्घाटन गर्नुभयो, जसले राति उडान सञ्चालन गर्न सक्ने क्षमता थप्यो।