शिवपुरी नागार्जुन राष्ट्रिय निकुञ्जको जलवायु अत्यन्तै विविधतापूर्ण छ, र यसको भौगोलिक स्थिति र उचाइका कारण यहाँका विभिन्न क्षेत्रहरूमा विभिन्न जलवायु परिस्थितिहरू पाइन्छ। काठमाडौँ उपत्यकामा अवस्थित यो निकुञ्ज विभिन्न उचाइमा फैलिएको छ, जसको कारण तलको समथर क्षेत्रदेखि उच्च हिमाली क्षेत्रसम्मका जलवायु भिन्नताहरू स्पष्ट देखिन्छन्। तलको समथर क्षेत्र, जहाँ काठमाडौँ उपत्यकासँग नजिकता छ, उष्णकटिबंधीय जलवायुको प्रभावमा पर्छ, जसमा गर्मीको समयमा उच्च तापमान र आर्द्रता देखिन्छ। यहाँका वनस्पति, विशेष गरी साल र सिसमका रुखहरू, उष्णकटिबंधीय जलवायुका कारण समृद्ध छन् र यो क्षेत्र मुख्यतया मानसूनको समयमा प्रचुर वर्षा पाउँछ, जसले जैविक विविधताको वृद्धि र वनस्पतिहरूको विकासमा योगदान पुर्याउँछ।
मध्य पहाडी क्षेत्रको उचाइमा समशीतोष्ण जलवायु पाइन्छ, जहाँ उचाइ १,५०० देखि २,५०० मिटरको बीचमा छ। यहाँको जलवायु मध्यम तापमान र सुखी वायूको संगम हो, जसले यस क्षेत्रमा रहेका सल्ला, रुख, चिरौंजी जस्ता समशीतोष्ण वनस्पतिहरूको वृद्धि गर्न अनुकूल बनाउँछ। यो क्षेत्र वर्षा र शरद ऋतुका समयमा अनुकूल जलवायु पाउँछ, जसले वनस्पति र वन्यजीवको समृद्धिमा मद्दत पुर्याउँछ।
उच्च हिमाली क्षेत्र, जहाँ उचाइ २,५०० मिटरभन्दा माथि रहेको छ, त्यहाँको जलवायु अत्यन्तै चिसो र शुष्क हुन्छ। यहाँको तापमान धेरै तल झर्दछ र हिउँको मौसम लामो समयसम्म रहन्छ। यस क्षेत्रको वनस्पति अल्पाइन प्रकारका हुन्छन्, जस्तै मखमलका झार र हिमाली फूलहरू, जसले चिसो र शीतलतासँग जति अनुकूलन गर्न सक्छ। यहाँको जलवायु अत्यन्त कठोर छ र यसले वन्यजीवलाई हिउँ र चिसोमा जीवित रहन अनुकूलन गर्न सक्ने क्षमता दिएको छ।
शिवपुरी नागार्जुन राष्ट्रिय निकुञ्जमा वर्षा र सुक्खा मौसमको महत्वपूर्ण भूमिका छ। वर्षा ऋतु सामान्यत: जूनदेखि सेप्टेम्बरसम्म रहन्छ, जसमा प्रचुर वर्षा हुने गर्दछ र यसले उष्णकटिबंधीय र समशीतोष्ण वनस्पतिहरूको वृद्धि र जैविक विविधताको विकासलाई उत्प्रेरित गर्दछ। शरद ऋतु र हिउँदको मौसम भने शुष्क र चिसो हुन्छ, र तापमान निकै तल झर्छ, विशेषगरी उच्च हिमाली क्षेत्रहरूमा जहाँ बर्फ पनि पर्छ।
यसरी, शिवपुरी नागार्जुन राष्ट्रिय निकुञ्जको जलवायु विविधता र उच्च उचाइका आधारमा एक अद्वितीय भौगोलिक र पारिस्थितिकीय संरचना प्रस्तुत गर्दछ। विभिन्न जलवायु क्षेत्रहरूले यहाँका वनस्पति र वन्यजीवहरूको अनुकूलन र समृद्धिमा महत्त्वपूर्ण योगदान पुर्याउँछन्, र यो निकुञ्जलाई जैविक विविधताको केन्द्र बनाउँछ।