पाटन स्वास्थ्य विज्ञान प्रतिष्ठानको मुख्य शिक्षण अस्पताल पाटन अस्पताल हो, जुन ललितपुरको सबैभन्दा व्यस्त सरकारी अस्पतालमध्ये एक हो। यहाँ बहिरङ्ग सेवा, इमर्जेन्सी, सघन उपचार कक्ष, नवजात शिशु सघन उपचार कक्ष, प्रसूति सेवा, शल्यक्रिया सेवा, डायलाइसिस, तथा विभिन्न विशेषज्ञ उपचार उपलब्ध छन्।
अस्पतालमा दैनिक हजारौं बिरामी आउने भएकाले विद्यार्थीहरूलाई विविध रोगहरूको अध्ययन गर्ने अवसर मिल्छ। विशेष गरी जटिल केसहरू, दुर्घटना, प्रसूति जटिलता र दीर्घरोगी बिरामीहरूको उपचारमा विद्यार्थीहरूले प्रत्यक्ष सिक्ने मौका पाउँछन्।
पाटन स्वास्थ्य विज्ञान प्रतिष्ठानले आधुनिक ल्याब, अनुसन्धान केन्द्र र क्लिनिकल ट्रेनिङ युनिटहरू विकास गरेको छ, जसले चिकित्सा शिक्षा र अनुसन्धान दुवैलाई सुदृढ बनाएको छ।