बी. पी. कोइराला स्वास्थ्य विज्ञान प्रतिष्ठानमा चिकित्सा शिक्षा अन्तर्गत विभिन्न स्नातक, स्नातकोत्तर तथा विशेषज्ञ तहका कार्यक्रम सञ्चालन हुँदै आएका छन्। यहाँ एमबीबीएस, बीडीएस, बीएससी नर्सिङ, बीपीएच, एमडी, एमएस, एमडीएस, डीएम, एमसिएच लगायतका कार्यक्रम उपलब्ध छन्। चिकित्सा, दन्तचिकित्सा, नर्सिङ तथा जनस्वास्थ्य अध्ययनका लागि छुट्टाछुट्टै संकाय र विभाग सञ्चालनमा रहेका छन्। विद्यार्थीहरूलाई सैद्धान्तिक ज्ञानसँगै व्यवहारिक अभ्यासमा पनि विशेष जोड दिइन्छ, जसले उनीहरूलाई दक्ष स्वास्थ्यकर्मी बन्न सहयोग पुर्याउँछ।
यस प्रतिष्ठानको शिक्षण प्रणाली अनुसन्धान तथा समुदायमुखी अवधारणामा आधारित छ। विद्यार्थीहरूलाई अस्पताल, समुदाय तथा ग्रामीण क्षेत्रमा प्रत्यक्ष स्वास्थ्य सेवा प्रदान गर्ने अभ्यास गराइन्छ। अनुभवी प्राध्यापक, आधुनिक प्रयोगशाला तथा प्रविधिमैत्री शिक्षण विधिका कारण यहाँ अध्ययन गर्ने विद्यार्थीहरूले अन्तर्राष्ट्रिय स्तरको शिक्षा प्राप्त गर्ने अवसर पाउँछन्। यस संस्थाले नेपालका विभिन्न भागमा सेवा गरिरहेका हजारौं चिकित्सक, नर्स तथा स्वास्थ्य विशेषज्ञ उत्पादन गरिसकेको छ। स्वास्थ्य शिक्षा क्षेत्रमा यसको योगदान अत्यन्त महत्वपूर्ण मानिन्छ।