सिद्धार्थनगर नगरपालिका मेयर–काउन्सिल प्रणाली अनुसार संचालन हुन्छ जसले स्थानीय सरकारको सबै पक्षलाई समेट्छ। यस नगरपालिकामा जनप्रतिनिधिहरू जनताको सेवा र विकासका लागि जिम्मेवार हुन्छन्। नगरपालिकाले आधारभूत सेवा, सडक निर्माण, सफाइ, शिक्षा, स्वास्थ्य लगायतका क्षेत्रहरूमा काम गर्दछ।
हालको मेयर इष्टियाक अहमद खान नेपाली कांग्रेसबाट निर्वाचित हुनुहुन्छ र उनले स्थानीय विकासमा विशेष ध्यान दिइरहनुभएको छ। डिप्टी मेयर उमादेवी अधिकारी, जो नेपाली कम्युनिष्ट पार्टी (एमाले)की प्रतिनिधि हुन्, महिला सशक्तिकरण र सामाजिक समावेशीकरणमा सक्रिय छन्। यसले दुई प्रमुख दलबीच सहकार्यका माध्यमबाट विकासलाई तीव्रता दिएको छ।
सिद्धार्थनगरको प्रमुख प्रशासकीय अधिकृत नवराज पौड्याल हुनुहुन्छ जसले नगरपालिकाको प्रशासनिक पक्षलाई प्रभावकारी बनाउन भूमिका खेलिरहनुभएको छ। प्रशासनिक निकाय र जनप्रतिनिधिहरूको सहकार्यले नगरपालिकाको विकासलाई प्रभावकारी बनाएको छ।