प्रेम बहादुर आले मगरको राजनीतिक यात्रा नेपाली राजनीति को स्थानीय तहबाट सुरु भएको हो। उनले डोटी जिल्लामा वडा सदस्यको रूपमा आफ्नो सेवाकाल सुरु गरे। उनको प्रारम्भिक राजनैतिक अभिवृद्धि स्थानीय स्तरमा भएको भएता पनि उनले २०१३ को संविधानसभा चुनावमा पराजय भोगेका थिए। त्यसपछि, २०१७ को नेपाल सामान्य निर्वाचनमा उनले डोटी १ निर्वाचन क्षेत्रबाट प्रतिनिधि सभा सदस्यको रूपमा जित हासिल गरे र संसद सदस्य बने।
उनको राजनीतिक यात्रा २०२० मा वन र वातावरण मन्त्रीको रूपमा प्रमुख जिम्मेवारीमा आएको थियो जहाँ उनले प्राकृतिक स्रोतहरूको संरक्षण र समृद्धि ल्याउने उद्देश्यसँग काम गरे।
२०२१ देखि २०२२ सम्म उनले संस्कृति, पर्यटन र नागरिक उड्डयन मन्त्रालयको जिम्मेवारी सम्हाल्दै नेपालका प्रमुख पर्यटन स्थलहरूको प्रवर्धन र पर्यटन क्षेत्रको विकासका लागि योजना तयार गरे।
प्रेम बहादुर आले मगरको मुख्य उल्लेखनीय कदम भनेको २०२२ मा उनले नारायणहिटी दरबार भूमि अपहेलनाको प्रकरणमा भ्रष्टाचारको मुद्दा सार्वजनिक गरेको हो। यस प्रकरणमा उनले योगेश भट्टराईमाथि भूमिको गैरकानुनी अपहरण र सशस्त्र चोरीमा संलग्न भएको आरोप लगाएका थिए। यस घटनामा उनले शेर बहादुर देउबा प्रधानमन्त्रीको प्रशंसा र समर्थन प्राप्त गरे। प्रेम बहादुर आले मगरको यो साहसी कदमले उनलाई व्यापक लोकप्रियता दिलाएको थियो।