पशुपतिनाथ मन्दिर काठमाडौँको सबैभन्दा पुरानो हिन्दू मन्दिर हो र यसको ऐतिहासिक महत्त्व अत्यन्त ठूलो छ। यो मन्दिर प्राचीन वैदिक कालको हो र नेपाल महात्मय र स्कन्द पुराणका हिमवत्खण्डमा पशुपति देवता अत्यन्त प्रसिद्ध भएका थिए। पशुपतिनाथ मन्दिरको धार्मिक महत्त्व केवल हिन्दू धर्मावलम्बीहरूको लागि मात्र होइन, विश्वभरिका भक्तजनहरूका लागि पनि अत्यन्त महत्वपूर्ण स्थान हो।
शिव पुराणका अनुसार, पशुपतिनाथको लिङ्ग सबै इच्छाहरू पुरा गर्ने क्षमता राख्दछ र यसको कथा कोटी-रुद्र संहिता को ९ औं अध्यायमा पनि वर्णित गरिएको छ। पाण्डवहरूको तपस्याका क्रममा यस लिङ्गको विशेष महत्त्व प्रकट भएको थियो। एक पौराणिक कथा अनुसार, शिव र पार्वतीले बागमती नदीको पूर्वी किनारामा हरिणको रूप धारण गरेका थिए र देवताहरूले उनलाई समातेर उनका दिव्य रूपलाई पुनः प्रकट गराए। देवताहरूले तिनको भङ्गिएको सींगलाई लिङ्गको रूपमा पूजा गरेका थिए, र पछि त्यो लिङ्ग गाडिएको र हराएको थियो। पछि एक ग्वाले आफ्नो गाईलाई दूध छोड्दै गडेको स्थानमा उत्खनन गर्दा पशुपतिनाथको लिङ्ग भेटियो।
पशुपतिनाथ मन्दिरको अस्तित्व ४०० ईसापूर्वका आसपासको समयमा रेकर्ड गरिएको छ। यसको संरचना पगोडा शैलीमा बनाइएको छ र शिवको लिङ्गलाई समेटिएको छ। गोपालराज आलोक भटका अनुसार, यो मन्दिर लिच्छवी राजा प्रचण्ड देवले बनाएको हो। अर्को ऐतिहासिक दस्तावेजले भनेको छ कि यो मन्दिर पहिले लिङ्ग आकारको देवालयको रूपमा थियो र पछि सुपुष्प देवले पाँच तल्ले मन्दिरको निर्माण गरेका थिए।
पशुपतिनाथ मन्दिरको पुनर्निर्माण र विस्तारीकरण इतिहास लामो छ। १०९९–११२६ ईस्वीका बीच शंकरदेवले मन्दिरको पुनर्निर्माण गरेका थिए र अनन्त मल्लले मन्दिरको छत थपेका थिए। १६९२ ईस्वीमा मन्दिरको संरचनामा सॉड र भूकम्पको प्रभाव परेको थियो, जसको कारण मन्दिरको पुनर्निर्माण कार्य गरिएको थियो। यस मन्दिरको पुनर्निर्माण कार्य र विस्तारका विभिन्न चरणहरूले यो स्थलको ऐतिहासिक र सांस्कृतिक धरोहरको महत्त्वलाई अझ प्रकट गर्छ।
आजको दिनमा, पशुपतिनाथ मन्दिर न केवल धार्मिक महत्त्वको केन्द्र हो, तर यसले नेपालका सांस्कृतिक र ऐतिहासिक सम्पदाहरूलाई पनि संरक्षण र समृद्धि दिएको छ।