नेपाल कम्युनिस्ट पार्टी (एमाले) को आन्तरिक राजनीतिमा महेश बस्नेतलाई नेता केपी शर्मा ओलीको कट्टर समर्थक का रूपमा लिइन्छ। उनी ओली समूहभित्रको युवा र ऊर्जावान नेतृत्वको प्रतिनिधित्व गर्ने नामका रूपमा चिनिन्छन्। तर, यो नजिकको सम्बन्धले उनलाई पार्टीभित्रको गुटबन्दी आरोपमा समेत तान्यो। विशेष गरी निर्णय प्रक्रियामा ओली पक्षधरहरूको पक्षपाती प्रभाव बढ्दै जाँदा, अन्य नेताहरूले बस्नेतमाथि निष्पक्षताविहीन रणनीति र कार्यशैली अपनाएको आरोप लगाए।
केही वरिष्ठ नेताहरूले उनलाई "पार्टीको आन्तरिक लोकतन्त्रलाई कमजोर बनाउने" र "व्यक्तिकेन्द्रित प्रभाव विस्तारमा लिप्त" भएको भनाइ सार्वजनिक रूपमा राखेका छन्। त्यस्तै, पार्टीका केही कार्यक्रमहरूमा विपक्षी गुटका नेताहरूलाई पन्छ्याएर आफ्ना समर्थकहरूलाई प्राथमिकता दिएको भन्दै आन्तरिक असन्तुष्टि पनि देखिएको थियो।
यद्यपि बस्नेतले भने आफूमाथि लागेको गुटबन्दीको आरोप अस्वीकार गर्दै, "पार्टीको निर्णय र नेतृत्वको सम्मानमा रहेर मात्रै आफूले काम गरेको" स्पष्ट पार्ने प्रयास गरेका छन्।
यस विवादले पार्टीभित्रको शक्ति सन्तुलनमा असर पारेको मात्र होइन, बस्नेतको व्यक्तिगत राजनीतिक यात्रामा पनि द्विविधा उत्पन्न गराएको देखिन्छ। उनले आफ्नो क्षमता, सक्रियता र संगठन कौशलबाट धेरै युवा कार्यकर्तालाई प्रभावित गरे तापनि, गुटीय राजनीतिमा तानिएर कहिलेकाहीँ पार्टी एकता र सामूहिक निर्णय प्रक्रियालाई कमजोर बनाएको आरोप उनको नाममा जोडिन पुगेको छ।