राष्ट्रिय प्रकृति संरक्षण कोषले आफ्नो संरक्षण कार्यक्रम नेपालका विभिन्न भौगोलिक क्षेत्रहरूमा लागू गरेको छ। यसले तराई, पहाड, र हिमाली क्षेत्रहरूमा जैविक विविधता संरक्षणमा काम गर्छ। तराईका क्षेत्रहरूमा जङ्गल, नदी, र दलदली क्षेत्रमा वन्यजन्तु संरक्षण, बाघ, गैंडा, हिउँदका चरा र दुर्लभ प्रजातिहरूको संरक्षण परियोजनाहरू सञ्चालन गरिन्छ। चितवन, बर्दिया, कन्चनपुर लगायतका क्षेत्रहरू प्रमुख केन्द्र हुन्।
पहाडी क्षेत्रहरूमा राष्ट्रिय प्रकृति संरक्षण कोषले अन्नपूर्ण, मनास्लु, र गोरखा जस्ता पर्यटकीय तथा संरक्षण क्षेत्रहरूमा काम गर्छ। यहाँ ट्रेकिङ र स्थानीय समुदायको संलग्नता मार्फत जैविक विविधता र वातावरणीय शिक्षा कार्यक्रमहरू लागू गरिन्छ। संस्थाले पर्वतीय वन्यजन्तु, रिचर्डिया, र दुर्लभ वनस्पति प्रजातिहरूको संरक्षणमा केन्द्रित रहन्छ।
हिमाली क्षेत्रहरूमा राष्ट्रिय प्रकृति संरक्षण कोषले ट्रान्स‑हिमाली परियोजनाहरू सञ्चालन गर्दछ। मुस्ताङ, मनाङ, र धौलागिरी क्षेत्रमा प्रोजेक्टहरू मार्फत हिमाली पारिस्थितिकी तन्त्र संरक्षण, जलवायु परिवर्तन अध्ययन, र स्थानीय समुदायलाई रोजगारीका अवसरहरू प्रदान गरिन्छ। यसरी राष्ट्रिय प्रकृति संरक्षण कोषको काम सबै भौगोलिक क्षेत्रहरूमा दिगो विकास र संरक्षणको सन्तुलनमा आधारित छ।