प्राधिकरणको संगठनात्मक संरचना अत्यन्तै व्यवस्थित र बहुस्तरीय छ। यसको नेतृत्व “मुख्य कार्यकारी अधिकृत”ले गर्छन्। मुख्य कार्यकारी अधिकृतको नेतृत्वमा नीति निर्माण, योजना कार्यान्वयन, समन्वय, अनुगमन र प्रशासनिक कार्यहरू सम्पन्न गरिन्छ। प्राधिकरणमा विभिन्न विभागहरू छन् नीति तथा योजना विभाग, अनुसन्धान तथा सूचना व्यवस्थापन विभाग, विपद् प्रतिक्रिया विभाग, र प्रशासन तथा वित्त विभाग। यी सबै विभागहरूले आफ्नो–आफ्नो जिम्मेवारी अनुसार कार्य गर्छन्।
सातै प्रदेशमा प्राधिकरणका शाखा कार्यालयहरू सञ्चालनमा छन्। यसका साथै, प्रत्येक स्थानीय तहमा विपद् व्यवस्थापन समिति गठन गरिएको छ, जसले स्थानीय स्तरमा विपद्का लागि तयारी र प्रतिक्रिया सञ्चालन गर्छ। यसले “केन्द्रदेखि गाउँसम्म एकीकृत प्रणाली” निर्माण गरेको छ, जसले नीति र व्यवहारबीचको दूरी घटाएको छ।
संरचनात्मक रूपमा, प्राधिकरणले विभिन्न विषयगत प्राविधिक टोलीहरू पनि गठन गरेको छ, जसले जोखिम मूल्यांकन, पूर्व चेतावनी, स्वास्थ्य आपतकालीन प्रतिक्रिया, र पुनःस्थापना सम्बन्धी सल्लाह प्रदान गर्छ। यसरी प्राधिकरणले वैज्ञानिक, प्रशासनिक र सामाजिक दृष्टिकोण समेट्दै बहुआयामिक प्रणाली विकास गरेको छ।