तालिबान शासनको सबैभन्दा विवादास्पद पक्ष हो—मानवअधिकार उल्लङ्घन । महिलाहरूलाई विद्यालय, रोजगार, र सार्वजनिक जीवनबाट बहिष्कृत गरिएको छ । विश्वविद्यालय तहमा पढ्ने छात्राहरूलाई कक्षामा प्रवेश गर्न दिइँदैन, सरकारी निकायमा काम गर्ने महिलालाई घरमै बस्न बाध्य पारिएको छ । तालिबानको कथनमा यी सबै “इस्लामिक मर्यादा र सुरक्षा” का लागि गरिएका नीतिहरू हुन्, तर मानवअधिकार संगठनहरूले यसलाई लैङ्गिक उत्पीडनको चरम रूप ठहराएका छन् ।
सांस्कृतिक र धार्मिक रूपमा पनि तालिबानले कठोर प्रतिबन्धहरू लागू गरेका छन् । संगीत, चलचित्र, कला, र खेलकुदलाई “अवैध” भन्दै निषेध गरिएको छ । पूर्व शासनकालमा जस्तै, तालिबानले सार्वजनिक स्थलमा कोर्रा प्रहार, मृत्यु दण्ड, र हात काट्ने सजायलाई पुनर्जीवित गरेका छन् । यी सजायलाई उनीहरूले “शरियतको न्याय” भनिन्छ । यद्यपि, यस्तो क्रूर व्यवहारले अन्तर्राष्ट्रिय समुदायको गम्भीर विरोध भोगिरहेको छ ।
यसबाहेक, हजारा, सिख, र हिन्दू समुदायजस्ता अल्पसंख्यकहरूमाथि अन्यायका रिपोर्टहरू आएका छन् । घर-बार कब्जा, धार्मिक स्थल ध्वस्त, र जबरजस्ती विस्थापनका घटनाहरू भइरहेका छन् । संयुक्त राष्ट्रसंघ, एम्नेस्टी इन्टरनेशनल, र ह्युमन राइट्स वाच जस्ता संस्थाहरूले तालिबानलाई लगातार सुधार गर्न दबाब दिइरहेका छन् । तर अहिले सम्म ठूलो नीतिगत परिवर्तन देखिएको छैन । तालिबानको शासन मानवअधिकारको सन्दर्भमा विश्वकै सबैभन्दा प्रतिगामी प्रणालीको रूपमा चिनिन्छ ।