गृह मन्त्रालय आठ प्रमुख विभागहरूद्वारा सञ्चालन हुन्छ:
प्रवासन विभाग: भिसा, आव्रजन र निर्वासन नीतिको कार्यान्वयन।
राष्ट्रिय परिचय तथा नागरिक दर्ता विभाग: नागरिकता प्रमाणपत्र, जन्म–मृत्यु दर्ता र राष्ट्रिय परिचयपत्र जारी।
नेपाल प्रहरी: शहरी क्षेत्रमा कानून–व्यवस्था र अपराध नियमन।
सशस्त्र प्रहरी बल: सीमा सुरक्षा, भीड नियन्त्रण तथा आपत्कालीन उद्धार।
कारागार व्यवस्थापन विभाग: कैदानी व्यवस्थापन र सुधार गृह सञ्चालन।
राष्ट्रिय विपद् जोखिम न्यूनीकरण तथा व्यवस्थापन प्राधिकरण: बहु–प्राकृतिक विपद् तयारी, जोखिम न्यूनीकरण र राहत समन्वय।
आपराधिक सम्पत्ति व्यवस्थापन विभाग: अवैध सम्पत्ति खोज–पत्ता र व्यवस्थापन।
अनियमित लेन–देन (मिटर ब्याज) अनुसन्धान आयोग, २०७९: ब्याज–अस्वीकृत रकमको अनुसन्धान र कारबाही।