मंगोल नेशनल अर्गनाइजेशनको विचारधारा अन्य मूलवासी तथा जनजाति आन्दोलनसँग केही फरक छ। धेरैजसो जनजाति आन्दोलनहरूले “जनजाति” वा “मूलवासी” शब्दलाई प्रयोग गरेर समान अधिकार, सांस्कृतिक पहिचान र राजनीतिक सहभागिता खोजिरहेका थिए। तर, मंगोल नेशनल अर्गनाइजेशनले जातीय–वंशीय (racial) आधारलाई नै आफ्नो पहिचान र उद्देश्यको मूल तत्व बनायो।
पार्टीले “जनजाति” शब्दलाई अस्वीकार गर्नुको कारण यसको दृष्टिकोणमा निहित थियो। यसको भनाइमा “जनजाति” शब्दले उनीहरूको ऐतिहासिक, सांस्कृतिक र वंशीय गौरवलाई कमजोर बनाउँछ। त्यसको सट्टा “मंगोल” पहिचानलाई अँगाल्दा उनीहरूलाई विश्वव्यापी रूपमा स्वतन्त्र जातीय समुदायका रूपमा चिनाउने विश्वास पार्टीले राख्यो।
यसरी, मंगोल नेशनल अर्गनाइजेशनले सांस्कृतिक अधिकार मात्र नभई राजनीतिक स्वायत्तता, बराबरी र स्वतन्त्र अस्तित्वको मागलाई आफ्नो उद्देश्यको रूपमा अघि सारेको छ। यस विचारधाराले नेपालमा पहिचान राजनीतिलाई नयाँ परिप्रेक्ष्य दिन मद्दत पुर्यायो।